Profesi dokter merupakan profesi yang utama dalam proses pelayanan kesehatan. Program profesi merupakan program yang sangat penting dalam mencetak dokter yang kompeten di bidangnya. Program profesi diberikan kepada mahasiswa yang telah selesai menjalani tahap sarjana dalam bentuk Kepanitraan Klinik. Dalam tahap program profesi ini mahasiswa menjalani kepanitraan klinik secara nyata di rumah sakit dan wahana pendidikan lain yang bertindak sebagai dokter muda dengan pengawasan dan bimbingan dokter spesialis.
Adapun alur program profesi dokter di FK UMS sebagai berikut :
Proses Kepaniteraan Klinik
Sebelum menjalani kepanitraan klinik mahasiswa diberikan pembekalan Persiapan Pra Dokter Muda (PPDM). PPDM ini bertujuan untuk mempersiapkan mahasiswa yang telah lulus sarjana kedokteran dan akan memasuki kepanitraan klinik. Materi PPDM meliputi ketrampilan klinis dasar yang dilakukan di Skills Lab Fakultas Kedokteran UMS dan mahasiswa diharuskan lulus ujian PPDM sebelum memasuki kepanitraan klinik.
Bagi mahasiswa yang telah lulus ujian PPDM memasuki rotasi kepanitraan klinik pada 17 bagian (departemen) di rumah sakit pendidikan atau wahana pendidikan lainnya. Bagian kepanitraan klinik dan beban studi sebagaimana terlihat pada tabel berikut :
| NO | KODE | MATAKULIAH | SKS | MINGGU | |
| SEMESTER I | |||||
| 1 | FKP10105 | ILMU BEDAH | 5 | 10 | |
| 2 | FKP10203 | ILMU KESEHATAN KULIT DAN KELAMIN | 3 | 5 | |
| 3 | FKP10303 | ILMU PENYAKIT MATA | 3 | 5 | |
| 4 | FKP10401 | ILMU KEDOKTERAN FISIK DAN REHABILITASI | 1 | 2 | |
| SEMESTER II | |||||
| 5 | FKP20105 | ILMU KEBIDANAN DAN PENYAKIT KANDUNGAN | 5 | 10 | |
| 6 | FKP20203 | ILMU PENYAKIT SARAF | 3 | 5 | |
| 7 | FKP20303 | ILMU KEDOKTERAN JIWA | 3 | 5 | |
| 8 | FKP20402 | ANESTESIOLOGI DAN REANIMASI | 2 | 3 | |
| SEMESTER III | |||||
| 9 | FKP30105 | ILMU KESEHATAN ANAK | 5 | 10 | |
| 10 | FKP30203 | ILMU PENYAKIT THT | 3 | 5 | |
| 11 | FKP30302 | ILMU PENYAKIT PARU | 2 | 4 | |
| 12 | FKP30402 | RADIOLOGI | 2 | 3 | |
| SEMESTER IV | |||||
| 13 | FKP40105 | ILMU PENYAKIT DALAM | 5 | 10 | |
| 14 | FKP40204 | ILMU KESEHATAN MASYARAKAT | 4 | 6 | |
| 15 | FKP40302 | ILMU KEDOKTERAN FORENSIK DAN MEDIKOLEGAL | 2 | 3 | |
| 16 | FKP40301 | BAITUL INSAN KAMIL | 1 | 2 |
Rumah sakit yang digunakan sebagai wahana pendidikan profesi kedokteran disebut sebagai rumah sakit pendidikan ( Teaching Hospital). Pada saat ini FK UMS telah melakukan kerjasama dengan beberapa rumah sakit di wilayah Surakarta, Provinsi Jawa Tengah dan Provinsi Jawa Timur yang terbagi dalam dua kelompok, yaitu rumah sakit pendidikan utama dan rumah sakit pendidikan jejaring, sebagaimana terlihat pada tabel berikut :
| No. | Nama Rumah Sakit Pendidikan | Kabupaten/Kota | Status |
| 1. | RSU PKU Muhammadiyah | Kodya Surakarta | Utama |
| 2. | RSUD Karanganyar | Kab. Karanganyar | Utama |
| 3. | RSUD Ponorogo | Kab. Ponorogo | Utama |
| 4. | RSUD Sukoharjo | Kab. Sukoharjo | Utama |
| 5. | RS Khusus Paru / BBKPM | Kodya Surakarta | Jejaring |
| 6. | RS Khusus Jiwa | Kodya Surakarta | Jejaring |
| 7. | RS Ortopedi Prof. Dr. R. Soeharso | Kab. Sukoharjo | Jejaring |
| 8. | DKK Sukoharjo | Kab. Sukoharjo | Jejaring |
Rotasi kepanitraan klinik dilakukan di rumah sakit pendidikan Utama dan apabila terdapat suatu hal sehingga tidak dapat dilakukan di rumah sakit pendidikan utama, maka rotasi kepanitraan klinik dilakukan di rumah sakit pendidikan jejaring. Khusus untuk kepanitraan Klinik IKM dilaksanakan di Puskesmas sedangkan Ilmu Kedokteran Kehakiman dilaksanakan di FK UNS.
Kegiatan Kepanitraan Klinik & Evaluasi Keberhasilan Pendidikan Klinik